A história se passa um século depois da franquia principal, no ano de 21XX. Dr. Cain durante uma escavação encontra o protótipo do Mega Man e descobre que o robozinho azul pensa sobre suas decisões e tem consciência de suas emoções. A partir disso, Dr. Cain dá prosseguimento em seu projeto, construindo os Reploids. Certos Reploids, de maneira inexplicável, resolveram se rebelar contra os humanos e passaram a se chamar Mavericks. Para combatê-los, foi criado um grupo denominado como Maverick Hunters, tendo como líder o Reploid Sigma. Mais tarde, Sigma também se rebela contra os humanos, e portanto, passa a ser o líder da rebelião dos Mavericks. X e Zero, dois Maverick Hunters, decidem combater Sigma e seus seguidores, e assim o jogo se inicia.

Como todo jogo da franquia, depois de completada a primeira fase, abre-se a escolha dos estágios totalizando os oito chefões. Até aqui nada de novidade, mas durante a exploração dos estágios é que se descobre o grande trunfo e a maior novidade: os Power-Ups. Após derrotar o chefão, há o acréscimo de novas armas que possibilitam novas interações com as fases, acrescentando aqui o elemento da exploração, uma característica que não era não era presente nos outros jogos da franquia.

Durante as fases, encontramos novos Power-Ups como os heart-tanks, sub-tanks, e mais um acréscimo inovador e interessante: uma nova armadura. Dividida em quatro partes, cada nova parte adquirida possibilita uma nova habilidade ao protagonista, aumentando novamente a importância de explorar outros tantos cantos de cada estágio. Outra novidade bem-vinda foi o acréscimo do dash e da habilidade de escalar paredes, facilitando e abrindo um novo leque de possibilidades e estratégias nunca visto antes nos jogos da franquia do robô azulado.

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Logo na primeira fase já somos surpreendidos com um novo personagem. Companheiro de X, Zero aparece com todo o seu carisma, mostrando ser muito mais forte e cool do que o famigerado protagonista azul. Surgindo aqui, uma vontade frenética de jogar com o Zero, fato que só se tornaria possível em Mega Man X3, mas neste jogo aqui ninguém sabia disso ainda. Definitivamente um dos melhores personagens já criado pela pela grandiosa mente de Keiji Inafume!

Do lado dos antagonistas também temos grandes personagens. Mega Man X brindou a franquia com memoráveis chefões que de imediato se tornaram sinônimo de adrenalina! Quem já jogou nunca mais se esquecerá de Vile, Storm Eagle, Spark Mandrill e Chill Penguin, todos com suas características exclusivas, tornando-os personagens imemoráveis e entrando no Hall de grandes vilões na história dos games.

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Falar de Mega Man X e não mencionar as músicas presentes durante o jogo é como se nunca o tivesse jogado. Composta por uma equipe mais do que brilhante, Setsuo Yamamoto (compositor também da série Alpha em Street Fighter), Makoto Tomozawa (Resident Evil), Yuki Iwai (Gargoyle's Quest 2 e vários jogos da série VS da Capcom), Yuko Takehara (Street Fighter VS X-Men, Mega Man 10) e Toshihiko Horiyama (Apollo Justice: Ace Attorney) todos já tinham trabalhado anteriormente na franquia e criaram aqui, uma verdadeira obra-prima. Músicas com uma pegada Heavy Metal misturada com batidas eletrônicas, cheias de adrenalina e ação, toda a trilha sonora representa o espírito do jogo e cada canção se torna inesquecível já na primeira audição! Destaque para a música da fase de abertura Central Highway e das fases de Spark Mandrill e Storm Eagle. Músicas cheias de vida e tão marcantes que são dignas de se ouvir em qualquer Video Games Live!