Durante a exibição na E3, Sakurai deixou claro que as versões para o Wii U e para o 3DS do Super Smash Bros. terão diferenças entre si. A princípio, haverão inclusões iguais em ambas as plataformas, tais quais como os personagens, uma vez que o próprio Sakurai acredita que divergências de personagens entre as versões pode ser algo complicado para os consumidores, sendo que a idéia é que todos os jogadores tenham a mesma experiência em ambas as versões:

Fundamentalmente nós iremos ter os mesmos personagens em cada sistema. Se existi-se um personagem que você não pude-se jogar no Wii U mas você pude-se jogar no 3DS, ou vice-versa, seria complicado para os consumidores. Nós queremos que os jogadores possam ter as mesmas experiências dos personagens em ambos os aparelhos.
Eu não tenho preferência em qual versão os fãs vão querer, apenas quero que o usuário final goste de qual ele escolher.

Sobre os gráficos, a versão do Wii U oferecerá "uma fidelidade maior e maiores detalhes", dando ao time de desenvolvimento "a habilidade de criar coisas em maior escala":

De um ponto artístico, quando nós olhamos para os ambientes em alta definição que nós estamos criando, nós temos que ir e trabalhar em todas as coisas pequenas, porque como você pode ver, se você não colocar atenção aos detalhes, elas vão parecer achatados e sem vida.

Sakurai ainda comentou sobre a inclusão de leveis do qual sonhou para o Brawl nesta nova versão. Porém, como as duas plataformas estão envolvidas, existem algumas limitações:

Se nós fizesemos isto, coisas que estiveram no Wii teriam de ser alteradas para estarem em um 3DS. Você teria que fazer alguns ajustes. Nós teremos que ficar atentos a isto.

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