Desde os primeiros jogos de Yu-Gi-Oh!, os jogadores eram obrigados a controlar personagens específicos, com decks pré definidos (ignore as versões Power of Chaos para PC, pois são jogos separados para cada personagem). Porém, no novo Yu-Gi-Oh! ZEXAL: Clash! Duel Carnival! para o Nintendo 3DS, o jogador poderá escolher o personagem que irá controlar logo no início do jogo.
Entre os personagens disponíveis, estão Yuma Tsukumoto, Reginald Kastle e Kite Tenjo, que serão dublados pelos mesmos atores do anime. Cada personagem possui seu deck de cartas, podendo remaneja-lo com o decorrer do game.


Yu-Gi-Oh! ZEXAL: Clash! Duel Carnival! será lançado no Japão em 5 de Dezembro, e trará mais de 5700 cartas dos demais sets do TCG de Yu-Gi-Oh!

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