A primeira diferença crucial entre Super Smash Bros. for 3DS e Wii U é que a versão portátil contará exclusivamente com o modo Smash Run. Semelhante ao modo "City Trial" de Kirby's Air Ride, os jogadores serão colocados cada um em uma caverna para que eles, em 5 minutos, tentem conseguir o maior número de power-ups possíveis. Após o término do tempo, os jogadores escolherão quais serão os power-ups que querem e irão batalhar em uma "batalha normal". A caverna lembra bastante o design usado para as fases do modo "The Subspace Emissary" em Super Smash Bros. Brawl e contarão com os inimigos das diversas séries presentes no jogo.